En un demi-siècle la vallée de l'Ellé qui fut magnifique en Bretagne s'est dégradée sous la pression d'une agriculture peu respectueuse de l'environnement, mais aussi pour de multiples raisons (surpêche, entretien des frayères ...). C'est le cas aussi pour la majorité des cours d'eau bretons.
La vallée de l'Ellé est pour Jean-Claude Pierre le symbole de ses premiers combats. Elle a été citée maintes fois dans la littérature anglaise ou française. Les populations de truites de l'Ellé se sont effondrées, surtout depuis 1970, particulièrement dans les parties basses et moyennes, elles ont plus décollé que dans l'Isole et le Scorff, les deux rivières voisines. Les causes sont multiples, mais c'est surtout dû au "rouleau compresseur agricole : les pesticides, le démembrement, l'ensablement par suite de trop grande densité de bétail, le non entretien des ruisseaux frayères" (Pierre Phélipot, pêcheur depuis 1960, amoureux de la rivière, auteur de nombreux ouvrages spécialisés et contributeur à l'excellente revue de l'Association bretonne de pêche à la mouche).
Paradoxalement, on observe une réelle augmentation de la taille moyenne des truites pêchées depuis quelques années. L'une des causes peut être la moindre densité des truites qui ont alors plus de nourriture disponible. La baisse de la pression de pêche, la généralisation de la pêche à la mouche et de la graciation des poissons pris (no-kill) ne sont pas à négliger. Ce facteur semble prépondérant de l'avis de tous les connaisseurs de trois départements bretons (Côtes d'Armor, Morbihan et Loire-Atlantique).
Disparition du saumon
Sur l'Ellé, les saumons pris à la ligne en 1954 étaient au nombre de 1000, 450 en 1971, et seulement 166 en 1991. En 2009, on a pêché 98 saumons seulement (chiffres officiels du conseil supérieur de la pêche devenu l'ONEMA). Depuis la fin des années 1970, la taille et le poids moyen des saumons pêchés dans nos rivières bretonnes a décru régulièrement. Les petits poissons d'été (castillons) constituent maintenant la majorité des captures. L'année 2010 n'a pas été prise en compte, et ce sera certainement la plus désastreuse, de mémoire de pêcheur, dans l'Ellé !
Certains pêcheurs se veulent rassurants : des insectes, papillons, oiseaux sont revenus sur les bords de rivière. Les poissons n'ont pas le niveau d'eau suffisant pour remonter ; ils attendraient plus bas, dans les estuaires. La pêche écossaise est aussi accusée (pêche de saumons adultes et de petits poissons qui servent à alimenter les aquacultures voisines, les privant de nourriture).
L'histoire du saumon et de la Bretagne sont intriquées, comme les luttes d'influence entre la royauté et la noblesse en lutte pour la possession des pêcheries. Et le retour du saumon représente pour les Bretons un véritable enjeu de société. S'il en est encore temps.